THE DEVIL’S DICTIONARY: Systems biologist

[Systems biologist], n. The fifth blind guy who integrate information from all rest 4 blind guys who actual touched the elephant. And build an integrative picture trying to figure what the animal was “real” like, according to the current data could be most explained. Example: The first guy said: it is stem cell caused. The [...]

[读书笔记] “The biology of Cancer” – （4）

Chapter 6 Cytoplasmic Signaling Circuitry Programs Many of the Traits of Cancer – The author stated “this is the most challenging chapter in the book”, it is also the most important chapter I guess, as it described in details of the basic signaling pathways linked to cancer. 6.1 A signaling pathway reaches from the cell [...]

[读书笔记] “The biology of Cancer” – （3）

Chapter 5 Growth factors and their receptors 5.1 Normal metazoan cells control each other’s lives Growth factor (GFs) is relatively small proteins that are released by some cells, make their way through intercellular space and eventually impinge on yet other cells carrying with them specific biological messages. Also growth-inhibitory factors. Growth-stimulating factors such as platelet [...]

[读书笔记] “The biology of Cancer” – （2）

Chapter 4 Cellular oncogenes hepatomas (liver carcinomas) 4.1 Can cancers be triggered by the activation of endogenous retroviruses? – As it was so successful in chicken, people tried very hard to found retroviruses who response to human cancer. However, it turn out retroviruse-even endogenous retruoviruse-are not carcinogens. As author mentioned “it remains unclear why our [...]

[读书笔记] Notes for the book “The biology of Cancer” (1)

My Notes imbed in the ToC below. My comments started with “–” are always by myself, started with “-” are combined with author’s words Quotes in italic normally were from wikipedia/freedictionary. Please pay attention to terms in bold. Underlines are where key points, or 8g, located. 《The Biology of Cancer》 Robert A. Weinberg – About [...]

In the light of evolution series @ PNAS

In the light of evolution I: Adaptation and complex design http://www.pnas.org/content/104/suppl.1.toc In the light of evolution II: Biodiversity and extinction http://www.pnas.org/content/105/suppl.1.toc In the light of evolution III: Two centuries of Darwin http://www.pnas.org/content/106/suppl.1.toc In the light of evolution IV: The human condition http://www.pnas.org/content/107/suppl.2.toc In the Light of Evolution V: Cooperation and Conflict Sackler not available yet [...]

ESC, iPSC 辩 之二

编译 — invoker — 中微子 注： 本文主要编译自 Nature News http://www.nature.com/news/2011/110513/full/news.2011.286.html 转载请注明原编译者(invoker 、 中微子)已及他的博客 http://blog.sina.com.cn/invokey 上回书说道人们发现了很多iPSC和ESC细 胞在表观遗传学，遗传突变率，和基因组结构上存在不小的差异。这已经让圈子里的很多人不爽了，但是，科学的江湖就是这样的，你要是觉得不爽，有人会马上让 你更加不爽。这不，最近，有人又在《自然》上发帖，这一贴可非同小可了。要理解这个帖子的意义，咱们还要从另一个故事说起。 我们知道我们身体里面有一套防卫系统保卫我们免受外来的三股势力侵犯。这三股势力就是细菌，病毒，和其它坏蛋。这个防卫系统通过一套先进的敌我识别系统来 辨别是不是有外来入侵者。比如说看到一个贼眉鼠眼的，那一定日本特务。这套防卫系统很好，让我们安全的在世界上乱搞。但是，这套系统实在太好了，也给我们 带来很多麻烦，比如，那天我喝酒喝的肝硬化，Oops，我于是想换个肝。 这个时候问题来了。即使我运气好搞到一个捐献的肝，我可能也没有办法移植。为啥呢？就因为我们的防卫系统不认识这个新肝阿：        “你的，那里的干活？”，    “太君，我的，新肝的干活”，    “新肝，什么新肝的干活，我的，不知道，你的，死了死了的共军的干活！！”，    “冤枉阿，冤枉阿……” 这就叫做排异反应。医生们为了绕过排异反应想了N多的方法，但是都是不尽如意。直到有一天，平地一声惊雷，我们得体细胞也可以变成干细胞的消息很快就传遍大街小巷，人们奔走相告，“排异反应的问题终于可以最后解决了……”。于是，故事回到了上回书的开始。 然而，这次这位来自加州大学圣地亚哥分校的许阳(音译 Yang Xu)博士领导的科学家在《自然》上报道“iPSC细胞生成的成体细胞有可能会被自体排斥”。 OOPS，真是太糟糕了。因为大家一直都想当然的认为iPSC细胞既然来自自身，那显然是可以被我们的防卫系统识别的。“这实在是太惊讶了，这个实验让所 有在这个领域工作的人都很紧张”， 牛津大学的Paul Fairchild教授这样评价道。许阳博士在老鼠身上的实验是这样作的。 他把ESC和iPSC细胞分别移植到它们起源的老鼠个体中。许博士发现，ESC细胞最后发育成了畸胎瘤，这个是符合实验预期的。但是iPSC细胞最后或者 没有办法发育成畸胎瘤，或者发育成的畸胎瘤被老鼠的免疫系统（老鼠的防卫系统）攻击而产生了排异反应。“我们本来期望将来移植iPSC来治疗人类疾病的， 从这篇文章看来，这个事儿悬了”Nissim Benvenisty 教授悲崔的哭道。 许博士认为是两个在建立免疫耐受的过程中应该关闭的基因（Zg16, Hormad1）在iPSC移植后的异常高表达，造成了免疫系统认为这个东西不是来自自己，而发起了攻击的。 但是，这个世界上，人们总是看到阳光的一面。比如，实际上，人们曾经成功的移植过iPSC分化后的细胞到老鼠中──尽管这些老鼠的防卫系统通常是被事先摧 毁了的。对于有正常防卫系统的老鼠对于iPSC分化后的细胞是不是也会排异，许博士目前也没有答案。“但是，许博士的结果并不完全代表临床的情况” Fairchild教授这样认为。他还指出，许博士的iPSC来自胚胎上皮，而不是成体上皮，而在临床上，一般都用成体上皮细胞作iPSC的来源。这个区 别也许是免疫排斥的原因（WTF??!!）.另外，他也怀疑，人体也许比老鼠要牛逼，不会发生同样的排异反应。不过他最后还说许博士的论文“也许会给整个重生医学（regenerative medicine）领域投下不必要的阴影”(那是，钱不好拿了)。 斯坦福的Joseph Wu说得就更直接了“这个文章也许会让监管部门更加严格了”。当然，最重要的是“这个文章强调了我们应该更加仔细的研究iPSC和免疫系统的关系”。许博 士也同意，他的研究小组接下来会看看在畸胎瘤中到底那些细胞被免疫排斥了，他认为“改进激活iPSC的方法也许可以缩小iPSC细胞和ESC细胞的差别， 从而降低被免疫排斥的可能，从而使得它能被用到临床上去”。 Zhao, T., [...]

People is having a lot to say :)

About the Peer review system on scientific publication. A Nature “Column: World View” End the wasteful tyranny of reviewer experiments nice to read the comments on the webpage, as well as two correspondences in this tissue of Nature Peer reviews: make them public Peer reviews: in praise of referees hehe. it’s interesting to watch what [...]

[节译] 治愈艾滋病的竞争

治愈艾滋病的竞争 <img title="[节译] 治愈艾滋病的竞争” src=”http://s9.sinaimg.cn/middle/53ea0db8g76caadf49378&690″ alt=”[节译] 治愈艾滋病的竞争” width=”220″ height=”162″ /> by Jon Cohen <科学>(2011),332卷:784-789页 节译：中微子 invoker >>>> 译者前言 的分割线 >>>>>> 艾滋病最近新闻很多，去年泰国人报道了他们的艾滋病疫苗，尽管有效率奇低(如果没记错的话大约是小于1%), 但毕竟是一个激动人心的进展。这一期的《科学》杂志有篇新闻焦点文章，介绍艾滋病疗法的最新进展。这里节译/编译 给读者（实在是太长太长太长太长了。。。。） 翻译之前先简单介绍一下艾滋 病，艾滋病的病原体是一种病毒，叫做HIV. 这种病毒和一般的病毒的区别在于它的侵染对象。一般的病毒一般侵染某种器官或者组织，比如SARS病毒侵染肺细胞。受感染的肺细胞于是看上去和正常细胞不 太一样，我们的免疫系统可以辨别这种差异，进而试图清理这些受感染的细胞，这就是为什么我们会发烧的原因。HIV不 同的是，他侵染的是我们的免疫系统，于是，我们的免疫系统开始自相残杀，最后的结果就是免疫系统崩溃。失去免疫系统的保护，任何其它细菌，病毒都可以肆无 忌惮的蚕食我们的机体。所以艾滋病患者最后都是死于其它的感染，比如肺炎。治疗艾滋病的困难在于，艾滋病病毒只是一小段RNA，它可以把自己插入到我们的 基因组内（你可以理解成染色体内）某个偏僻的角落藏起来。就像是特务混入到人民群众中去了。我们英勇的公安干警可以把已经暴露的特务可以都抓起来突突了， 但是对藏起的特务却没有办法。这些特务可能隐藏很多年，直到某一天突然跳出来。 >>>> 译者前言 的分割线完 >>>>>> 竞争者 I 1995年，一个叫做Brown美国的同性恋在德国发现自己得了艾滋病，杯具的是他已经好多年没有和传染给他的那个家伙ooxx了，而且5年前他还做过检 查没发现问题。于是他开始治疗，主要是抗病毒药物的治疗。不幸的事总是不约而同得来，2006年，他发现自己又得了白血病。这么复杂的病人是一个宝贝阿， 于是他被柏林自由大学肿瘤学专家Gero Hutter (这名字-_-b)供起来了。各种各样的化学疗法加到了这个可怜的药罐子Brown身上。在付出了几乎丧命的代价之后，这个白血病看起来好像消失了。 Hutter对Brown说，别太高兴，白血病很容易复发的，要是真得复发，我只好给你作骨髓移植了。果然，很快Brown的白血病就复发了。这个时候 Hutter突然灵机一动──也许我可以通过骨髓移植同时治好这个家伙的白血病和艾滋病！！！ >>>> 译者注解的分割线 >>>>>> 人 有一个基因叫做CCR5. 在欧洲有10%的人的这个基因突变了。这个突变的基因可以阻止艾滋病病毒对免疫细胞的侵染。如果你的两个CCR5基因（一个来自父亲，一个来自母亲）都包 含这个突变，恭喜你，你永远不会被艾滋病感染。可惜需要两个基因都是突变体，这样在欧洲大约只有10% * 10% = 1% 的人有这么幸运！更加让人羡慕嫉妒恨的是：这个突变体在欧洲以外很少被发现。所以童鞋们，作为亚裔，还是小心点把，该带套的时候别省那点钱，OK？就是这个突变体让Hutter看到希望。 >>>> [...]

Notes about Genome Biology conference 2011 @ CSHL

This is my notes about Genome Biology conference 2011 @ Cold spring harbor, NY. WARNING: all “we”, “our”, “us” below only refer to the origin authors. Please do NOT cite any part of this page for any proposes. Some of the conclusions may not appear as exact form as it ultimate publication. TFBS/enhancer: To integrate [...]

[书评] 西方面相学–迷人性感之科学学说

<img title="[书评] 西方面相学–迷人性感之科学学说” src=”http://s5.sinaimg.cn/middle/53ea0db8ga2da22eea504&690″ alt=”[书评] 西方面相学–迷人性感之科学学说” name=”image_operate_25651304957693312″ width=”300″ height=”300″ /> In Your Face: The New Science of Human Attractiveness 作者: David Perrett 出版年: 2010-6-8 [书评] 西方面相学–迷人性感之科学学说 —-《In Your Face, The new science of human attraction》 by David Perrett .中微子 invoker . 学校图书馆有一个“新到图书”的架子摆在入口出，这本《西方面相学-迷人性感之科学学说》某天就摆在上面。我这样翻译书名一方面是取一个吸引眼球的噱头，另一方面其实作者在最后的确也研究了我们传统意义上的“面相”学，这个我在下面会说到。 照例先介绍一下这个作者， David Perett, 按照扉页上的说法是一位在人脸解构和人的迷人特性(attractiveness)研究的国际知名的学术领袖, 苏格兰 圣.安德鲁大学教授，人脸研究实验室主任。David应该是这方面研究的祖师爷，因为据他自己说这个星球上大部分研究这个的学者都是他的徒子徒孙。他自己也还是蛮帅的呵呵。 <img title="[书评] 西方面相学–迷人性感之科学学说” src=”http://s1.sinaimg.cn/middle/53ea0db8ga2da24e4ba60&690″ alt=”[书评] 西方面相学–迷人性感之科学学说” name=”image_operate_99561304957724657″ /> 全书的中心命题是试图了解，是什么样的人类特质，决定了一个个体的脸是否迷人。既然书的标题中有关键词“科学”,当然首先需要有一个科学的研究方法。作者 使用的核心方法有两个。一个是分组，这是科学研究的一般方法。即把研究对象根据研究目的分成不同的小组。比如我想知道眼睛的颜色对迷人度的影响，那么我就 把志愿者分成两组。一组是单一颜色，一组是随机的颜色，然后开始对照实验。作者使用的另一个核心方法就是混合。也就是通过一个图形处理的算法，把一组同质 [...]

永生，死亡和性 (序)

永生，死亡和性 作者：中微子 invoker 转载请注明我的博客  http://blog.sina.com.cn/invokey 摘要：本文从生命起源演化和人类文明发展的角度对生命的产生和死亡作 出一个一般性的非量化描述。我们认为，诞生死亡的直接后果之一是性的产生。目前人类科技的进步对死亡发起了挑战。我们论述了这个挑战从生物学上和信息学上 的意义，以及这个挑战对人类社会的影响。最后，我们畅想了在最终技术性永生实现后人类的生命以及性的存在形态。 序 《Time》上的文章 《2045: the year Man becomes immortal》是<Time>上很少让我反复阅读的文章。 原打算翻译出来，但是悲崔的发现该文已经被人翻译过了（见《2045：奇点降临 人类不朽》）。Lineker翻译的真好。我估计翻到一半就没劲了，难免又是一篇烂尾文。只是有一个词的译法我不是很喜欢，在此和Lineker商 榷：Singularity。字面意思是“奇点”，但是说奇点在中文里面实在不知所云，所以也许用别的词更好些，比如“涅槃”时刻（听上去很傻..）。关 于生命，这个我们从哪里来，到哪里去的终极问题，千百年来，人们总是只能从哲学上来思考。现代科技的进步让我们有机会从具体而微的技术层面重新审视这个问 题。我一直以来就有些不甚成熟的想法和猜测。这里借这个机会把它们汇集起来，放到博客上，供同好们参考。 生命是怎样起源的？这大概是这个宇宙中最不可思议的问题之一了。我们大约永远也没有办法回答这个问题（注1）。 生命诞生并没有直接意味着诞生了死亡。《圣经》里面上帝创造了人之后，人在伊甸院里面是不死的，后来因为女人犯了错误，还推卸责任给蛇，让上帝很不爽；而 男人躺着也中抢，连带犯了错，上帝于是让死亡降临。从那以后，人们就在和死亡抗争。不管是太上老君的丹药，还是徐福东渡寻仙，人们都是想要一个永活的生命 （immortal）。当人们得不到这个永活的生命的时候只好求助于宗教。宗教于是告诉你，信我就可以的永生。这个永生是在天堂的永生(eternal of life)的意思。注意，这两个概念是不一样的。天堂的永生是不是存在，这个是一个信念，你信则有，不信则无。而永活的生命（immortal）到底有没 有是则是一个严肃的科学问题。从某种意义上来说immortal在生命世界里是一个常态。比如细菌可以算是永活的，因为细菌是可以不断分裂下去的，一个父 代细菌分裂成两个子代的时候，那个是原来那个？都是，也都不是。还有，在这个意义上,癌症细胞也是永活的。甚至我们可以通过简单的生化操作把人的健康细胞 也永生化。 但是作为人的生命是不是可以永活，却远远没有这么简单。在思考这个问题之前，这里我想先问和这个问题相关连的另一个问题“为什么有死亡”？我们可以有哲学 上的二元论解释“没有死就没有生”。不过我们并不满足这种过于推卸责任的解释。现代生物学的一个解释是染色体在每次复制的过程中会损失一部分顶端的序列 （端粒），当这个端粒消耗的差不多的时候，也就是生命的结束。这个现象，从某种意义上可以部分的说明生命为什么是有限的，但是目前没有直接的证据证明端粒 的消耗是老化的（全部/直接）原因。因为端粒和机体机能之间并没有明显的因果联系（也许有，但是我没有读到相关文献，如果哪位xdjm读到了，还望不吝赐 教）。物理学的热二定律似乎暗示了生命最终走向无序的不可逆过程，但是，我依旧不能理解为什么持续的负熵摄入就不可以维持生命作为开放系统的有序的存在？ 当然，我不可能试图在博客上解决这个技术上的难题。我只是将从系统的观点来考查生命和死亡的关系，然后，我将探讨人类对生死难题的努力，最后，我将畅想通 过了涅槃时刻的人类将是怎样的一个生命形态。 本文将组织成一系列帖子，第一部分我将从理论上探讨 生命和永生的矛盾，以及死亡的诞生，并且伴随着死亡而（几乎）同时诞生的性。这个过程和圣经故事有些相似，只是圣经里说得是因为女人（性）而带来了死亡， 而我要证明的是因为死亡而诞生了性。第二部分，我将探讨科学技术对生命和死亡的挑战，以及这个挑战面临的问题。其中一个重要的问题是意识。因为我强烈的认 为意识不是简单计算能力的叠加。为此，我会尝试着去挑战著名的机器人三定律，我认为机器人三定律和意识是有根本矛盾的。我还会探讨 技术性涅槃时刻的到来。在第三部份，我假定我们通过了技术性涅槃时刻，这几乎等价于技术性永生的实现。那么，我们关心的一个问题是，死亡没有了，那么性还 存在么呢？如果答案是否定的，一个没有性的永生是我们追求的目标么？如果答案是肯定的，那么永生和性又是如何结合的？最后，也许我会试图重新回到原初的问 题生命是怎样起源的？ 我相信，我的这个文章不会真得回答任何上面提到的问题，而只会让您，我愤怒的读者提出更多的问题。但是，正是这些充满迷惑诱人而又让人无尽遐想的问题，让这个宇宙如此的美丽，让我们有更大的勇气活在这个魑魅魍魉横行的世界。 注1：地球生命起源目前有化学创生说和宇宙创生说，前者认为地球生命 起源于早期原始大气在极端条件下生成的简单有机物经过漫长的地质年代自发形成生命形态；后者认为地球生命起源于外太空，不过这个假说仅仅只是吧皮球踢给了 外星人而已。所以，本质上，关于生命起源，只有一个化学创生说。该学说的唯一证据是1953年的米勒模拟实验（Miller’s simulated experiment）。但是该实验据说没有人能够重复（去年Miller他老人家的不知道是多少代的徒孙还在用Miller 60年前炸出来的那锅老汤发文章, 难道真得那么懒，暴一锅新汤都不想去作？呵呵呵呵），而且其它方面也饱受质疑。另外，即使可以合成简单的有机物质，从有机物到生命体的转变，目前还没有任 何可以检验的模型，或者假说。 转载请注明我的博客  http://blog.sina.com.cn/invokey

ESC, iPSC 辩

ESC, iPSC 辩 – invoker — 中微子 转载请注明原作者(invoker 、 中微子)已及他的博客 http://blog.sina.com.cn/invokey 胚胎干细胞（ESC）和诱导的多能干细胞(iPSC)的异同是一个不论在科学上还是临床上都至关重要的问题。我们知道，在自然状态下，心脏就是心脏，它不 会突然就变成肝脏（这个太恐怖了）。也就是说已经最终分化的细胞会保持最终的状态。我们也知道我们都来源于一个精子和卵子结合形成的受精卵，受精卵进而发 育成胚胎。这说明在我们胚胎发育的早期，这些胚胎细胞是可以分化成不同的细胞类型的，我们称之为胚胎干细胞（ESC）。ESC之所以重要就在于它的多能性 （既可以分化成各种成体细胞）。从科学上说，我们研究ESC的分化，就可以帮助我们理解发育机制；从临床上说，我们也许有一天可以利用干细胞治疗很多在今 天看来没有办法的疾病（比如说您的铅笔不小心被那谁谁咬断断了，没关系，咱们让您重新长一个……呵呵，开玩笑呢，别相信这类伪科幻:P）。在过去的10年 中，一个生物学上的重大突破就是，人们发现只要刺激很少数的几个转录因子，就可以使得成体细胞（比如一个成纤维细胞）转化成另一种细胞，这种细胞看上去和 ESC细胞几乎完全一样──它也可以被进一步分化成不同类型其它成体细胞──对的，人们让成体细胞重新获得了多能性。这种被刺激诱导的新的多能细胞就是诱 导的多能干细胞(iPSC)，它首先是日本科学家在小鼠中实验成功，然后美国科学家在人体细胞中也实现了这个转变。值得一提的是，咱们中国科学家首先成功 的利用iPSC发育出了活体的小鼠并成活了一段时间（几个月把，我不记得具体时间了），从而从根本上证实了iPSC的全能性(Takahashi and Yamanaka, 2006;Maherali et al., 2007; Nakagawa et al., 2008; Okita et al., 2007; Takahashi et al., 2007; Wernig et al., 2007; Yu et al., 2007; Aoi et al., 2008)。毫无疑问，这个发现是如此重要，以至于在短短几年的时间里面，iPSC已经成为几乎所有在这个研究领域的人研究的对象。风险投资商也发疯一样 的在寻找可能发财的项目。但是，有一个最基本的问题却一直没有被回答，那就是，iPSC和ESC真得完全一样嘛？人们最先考察的是比较他们之间的基因表达 谱。2009年有人报道iPSC的基因表达谱好像和ESCs很大的不一样(Chin et al.Cell Stem [...]

翻译:法国诺贝尔奖得主逃离“知识恐怖”的迫害，去中国忽悠疯狂的想法

翻译:法国诺贝尔奖得主逃离“知识恐怖”的迫害，去中国忽悠疯狂的想法 翻译 invoker 一个过气的78岁法国科学家，2008年因发现HIV病毒被授予生理医学诺贝尔奖（有报道称其实他是用行政权利成为该论文的通讯作者，并且之后一直在从事不靠谱研究）的Luc Montagnier要到中国的上海交通大学成立一个研究院，研究他的神奇牌包治百病水了。围观群众纷纷表示情绪稳定。 Source:   http://www.sciencemag.org/content/330/6012/1732.full French Nobelist Escapes “Intellectual Terror” to Pursue Radical Ideas in China 法国诺贝尔奖得主逃离“知识恐怖”去中国追寻疯狂的想法 1. Martin Enserink 作者：Martin Enserink PARIS—Virologist and Nobel laureate Luc Montagnier announced earlier this month that, at age 78, he will take on the leadership of a new research institute at Jiaotong University in Shanghai. What [...]

Google可以预测股市吗？

Can Google Predict the Stock Market? Google可以预测股市吗？ by John Bohannon on 14 November 2010, 7:01 PM http://news.sciencemag.org/sciencenow/2010/11/can-google-predict-the-stock.html 作者 John Bohannon， 2010/11/14.  中微子 翻译 Whoever figures out how to predict the stock market will get rich quick. Unfortunately, the market’s ups and downs ultimately depend on the choices of a massive number of people—and you don’t [...]

Massively parallel bacterial data storage system 细菌加密和储存数据

A team from CUHK developed a method to store data in bacterial genome. So far, they can make it to store 90GB data into 1 gram bacterials. 一个来自香港中文大学的研究组开发一项用细菌存储数据的方法。目前他们做到了在一克细菌里面存储90GB数据。 http://2010.igem.org/Team:Hong_Kong-CUHK 这是2010年IGEM大赛的一个项目。有兴趣的同学可以发现很多geek的想法在这个比赛中。（北大今年得了最佳环保项目奖，我记得北大几年前也得过，恭喜他们！） 回到这个存储数据的idea. 基本思想其实很简单，把数据编码成4进制数, 从而成为ATGC序列。然后打碎序列成片段, 插入到细菌基因组中。这里有几个问题需要解决。 1. 数据的读取。—解决方安：对，你想到了，高通量的测序。 2. 数据的恢复。—解决方安：对，你也想到了，给每个片段加一个序列号编码到片段前面。 3. 数据的完整性。—解决方安. well， 我没有仔细读他们的文章（哦，不是文章，是PPT）我猜大约有下面两个解决办法。 a), 提高测序深度，设计测序议敏感的序列先导端，et.c. 以保证所有的片段都被测到；b)通过类似CRC的编码方式使得数据可以从缺失数据中恢复。 4. 数据的安全。两个方面， 一个是细菌的基因组重组可能破坏数据；另一个方面细菌不要被插入的片段杀死。 解决方安应该都是设计合理的编码和插入策略（我猜的哈）。 最后，应用。well, 明显的工业前景其实不是很明显。。。因为，，因为。。你知道，高通量测序我不知道什么时候可以发展到类似你拿个U盘插上去，几秒钟就测完，解码结束。所以，他们忽悠的什么bio-hard disk…至少目前还看不到工业前景。我倒是觉得军事用途是更直接的。这间谍要是要传点什么信息，你以后怎么查？寄信的时候抹上点细菌就好了！或者飞鸽传书，传染一点编码的H5N1禽流感。…NND, 防不胜防。 最后的最后，这个想法其实不是什么新鲜玩意儿。分子生物学家用DNA编码信息已经作了很多年了。去年文森特研究所发表的所谓第一个人工合成生命。他们就已经在里面合成了一段文字。他们也在文章中也讨论了数据编码的问题。 最后的最后的最后，这样的合成生物学研究都有伦理问题，有兴趣的民科们发挥你们的想象力的时候到了:) [...]

万能的终极理论

轉載請指明譯者和他的博客 http://blog.sina.com.cn/invokey 《科學》書評  翻譯 中微子(invoker) http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/330/6001/179 One Theory to Rule Them All 万能的终极理论 Joseph Silk Joseph Silk The Grand Design by Stephen Hawking and Leonard Mlodinow Bantam, New York, 2010. $28, C$33. 207 pp. ISBN 9780553805376. eBook, $28. ISBN 978055390707. 《大设计》史蒂芬.霍金， Leonard Mlodinow Bantam, NewYork, 2010. In The Grand Design, Stephen Hawking, in collaboration with [...]

问史蒂芬·霍金的十个问题

转载请注明译者博客: http://blog.sina.com.cn/invokey 10 Questions for Stephen Hawking By Stephen Hawking Monday, Nov. 15, 2010 翻译: 中微子(invoker), 译注被标为蓝色 问史蒂芬·霍金的十个问题 If God doesn’t exist, why did the concept of his existence become almost universal? —Basanta Borah, BASEL, SWITZERLAND I don’t claim that God doesn’t exist. God is the name people give to the reason we are here. [...]

学校安全, 犯罪率, 奇怪的数据及其他.

今天读到<Times>上一篇文章<safety First> 说到一个芝加哥关于公立中学安全的故事, 其中说在上一个学年(我猜应该是2009)芝加哥公立中学共发生245起枪击案件(不确定是否有245死亡,但是可以确定是有245人次被shot), 作者建立一个数学模型去预测那些人群更有可能被枪击, 作者声称该模型预测了10,000高危人群,已经250超高危人群. 于是在奥巴马经济刺激计划的支持下(6千万美元), 作者进行一个项目:雇佣全职的”导师”对这些(超)高危人群进行陪护(其实就是保镖了,好听一点而已…). 作者声称他们正确的预测了40%的枪击案件. 这篇文章引起我的兴趣在下面三个方面: 1.模型的预测水平. 2.中美犯罪率安全性比较. 3.可疑的项目本生. 你可以挑你感兴趣的读下去. 1. 模型的预测水平.  作者说他们预测了40%的案件=245 * 40% =  98. 如果他说的”预测”是指高危人群的话, 他们模型的特异性为 98/10000=0.0098. 如果”预测”是指超高危人群的话, 他们模型的特异性为 98/250=0.392.  这个特异性是很令人满意的高的, 相比较于高危人群的特异水平. 2. 接下来我打算比较中美的学校安全水平, 因为去年的一系列校园砍人事件给人的印象是中国校园极度不安全. 因为无法得到中国的学校袭击数据, 我决定通过另外的方法来大致比较. 先通过芝加哥总体犯罪率和芝加哥学校枪击比率,来估计美国全国学校枪击数目(假定 总犯罪/学校犯罪=常数), 然后估计如果美国的人口为13亿,将会发生多少学校枪击案(等价于如果中国和美国有相同的安全程度,将会发生的学校袭击案件—这里假定上面的常数中美一致, 这个假定通常是不合理的…). 于是我去找芝加哥的犯罪率数据, 在wiki上找到2009的数据 这个数据来源是FBI的报告,应该是官方的数据了. 因为芝加哥的统计方法和FBI的方法不一致(你懂得,为什么)所以,芝加哥总体暴力犯罪数据没有, 但是实际上他只是有一项”暴力抢劫”缺失, 我用全国的平均数据(0.414, 只占最后估计总数的大约5%)代替后估计出芝加哥的总体犯罪率是11.66/100,000, 芝加哥人口是2,848,431, 于是2009芝加哥的暴力犯罪总数就是332.127, ok, 好吧芝加哥人爱杀学生 245/332.127=73.76% 的犯罪是射杀学生(你不觉得这个数据很可疑么? ). 美国2009共发生1,318,398 起暴力事件, 按照刚才的估计 [...]

搞笑诺贝尔奖2010解-蝙蝠的性福口ooxx

搞笑诺贝尔奖2010.蝙蝠的性福口ooxx .中微子. 本文主要翻译/节译自这篇文章, 我的评论将被斜体标为蓝色. 转载请注明原始出处和我的博客链接 http://zhihuazhang.wordpress.com 每年在瑞典人宣布大奖之前, 在波士顿,人们颁发”搞笑诺贝尔奖(Ig Nobel Prize)”, 以奖励那些”让人发笑, 然后使人思考”的研究 (wiki说最早的Ig(1991)是发给那些”不能,也不应该被重复”的研究 -B). Ig 通常没有按照传统的诺奖分类, 因为他首先考虑的是研究的有趣性. – Ig的研究都是严肃的科学研究, 通过严格地同行审查发表在科学杂志上. – B 颁奖典礼其实是个搞笑晚会, 当然有些职员的位置是固定向某些人致敬的,比如 Roy Glauber (2005诺贝尔物理学奖)是Ig的官方扫地员, 主要负责清扫讲台上不断被听众丢上来的纸飞机. 典礼通常还是音乐晚会, 比如今年是歌剧细菌的首场演出. 当然,典礼的中心内容还是奖励的研究本生. 好吧,让我们开始: 工程学,奖励给”远程取样鲸鱼的鼻涕” 三名女性科学家用遥控直升飞机去鲸鱼背上收集鲸鱼的呼吸气体样本, 从中得到足够的鼻涕含量. 她们用这些鼻涕来研究生活在鲸鱼呼吸道中的细菌群落. 从这项研究中科学家们可以得到鲸鱼的健康状况. 她们三个都来波士顿领奖了! –细菌群落(基因组)研究其实是很热门的研究领域, 有很多想像不到地方科学家都去采样比如, 人的大便, 皮肤, 阴道….orz…sbc据说就是在研究青春痘的细菌群落… 不过要是我, 我宁愿自己爬到鲸鱼背上去采样, 多好玩阿, 不用天天坐在电脑面前了.. –B 医学: 坐过山车可以缓解哮喘症状 . 通常”过山车增加了精神紧张”不会出现在科学文献,更加不会出现在文章摘要中. 但是两个荷兰人发现当患者玩过山车的时候,因为”剧烈的情绪紧张”哮喘的症状消失了. 他们两都来波士顿领奖了. -过山车啥病都能治….人都吓死了..哈哈..想起那个好像是阿凡提治驼背的故事-B [...]